Reticular Alignment: hatékony iteratív szekvenciaillesztés

    szerda, 2010, november 17

    (c) 2010 István Miklós , Adrienn Szabó
    A Reticular Alignment modul egy hatékony iteratív szekvenciaillesztő algoritmust valósít meg. A korábbi sarok-levágó módszerekkel ellentétben a dinamikus programozási táblának nem egy konvex részét választja ki, hanem egy olyan illesztési hálózatot amely nem csak az optimális, hanem a legjobb szub-optimális útvonalakat is tartalmazza. Egy bemenő paraméterrel szabályozható a hálózat "szélessége" (a kiválasztott szub-optimális illesztési útvonalak száma). Nagyobb paraméter-érték, és így szélesebb hálózatok esetén valószínűbb, hogy megtaláljuk a globálisan optimális illesztést, de a számítási igény is nő.

    A programot Java nyelven implementáltuk, és összehasonlító méréseket végeztünk a BAliBASE fehérje-adatbázis adatain. A Reticular Alignment már egy egyszerű pontozási séma esetén is jobban teljesít mint a ClustalW, de az FSA és a MAFFT algoritmusok pontosabb illesztéseket adnak, ezért szofisztkikáltabb pontozási stratégiákat (példálul hidrofób és hidrofil aminosavak megkülönböztetése) is implementáltunk. Ezzel már sikerült legyőznünk az FSA-t, és néhány kiértékelési mérőszám szerint a MAFFT csomagot is.

    Típus: 
    Kutatási projekt
    Állapot: 
    Befejezett
    Csatolmány: