A Reticular Alignment modul egy hatékony iteratív szekvenciaillesztő algoritmust valósít meg. A korábbi sarok-levágó módszerekkel ellentétben a dinamikus programozási táblának nem egy konvex részét választja ki, hanem egy olyan illesztési hálózatot amely nem csak az optimális, hanem a legjobb szub-optimális útvonalakat is tartalmazza.